اجرای طرح جایگزین خدمت نظام وظیفه عمومی به عنوان یکی از نقاط قوت این برنامه توانسته 500 نفر از دانش آموختگان 400 دانشگاه برتر دنیا را به جای گذراندن دوره سربازی به ارائه طرح‌های پژوهشی تشویق کند.

این طرح شامل انجام یک پروژه تحقیقاتی در مدت حداقل 14 ماه به عنوان جایگزین خدمت نظام وظیفه عمومی است که با مجوز ستاد کل نیروهای مسلح اجرایی می شود. در این برنامه امکان انجام پروژه جایگزین در خارج از کشور برای دانش­آموختگان 100 دانشگاه برتر دنیا با سابقه همکاری با مراکز فناور معتبر خارجی یا عضو هیات علمی 200 دانشگاه برتر دنیا، وجود دارد.